ছাত্র জীবন থেকেই মকবুল আহমাদ ইসলামী আন্দোলনের সাথে সম্পৃক্ত ছিলেন। ছাত্র জীবন শেষ করেই ১৯৬২ সালে তিনি জামায়াতে ইসলামীতে যোগদান করেন এবং ১৯৬৬ সালে রুকুনিয়াতের শপথ গ্রহণ করেন। ১৯৬৭ সাল থেকে ১৯৬৮ সাল পর্যন্ত তিনি ফেনী শহর আমীরের দায়িত্ব পালন করেন এবং ১৯৬৮ সাল থেকে ১৯৭০ সাল পর্যন্ত মহকুমা আমীরের দায়িত্ব পালন করেন। ’৭০ সালের শেষ দিকে তিনি বৃহত্তর নোয়াখালী জিলা আমীরের দায়িত্ব পালন করেন।

১৯৭০ সালের প্রাদেশিক পরিষদে নির্বাচনে ফেনী সদর সোনাগাজী নির্বাচনী এলাকায় জামায়াত মনোনীত প্রার্থী হিসাবে এবং ১৯৮৬ সালে জাতীয় সংসদ নির্বাচনে ফেনী ২ এলাকা থেকে অংশ নেন।

বাংলাদেশের স্বাধীনতা লাভের পর চট্টগ্রাম বিভাগে তিনি দ্বীনী দাওয়াতের কাজ করেন। অতপর জনাব মকবুল আহমদ ১৯৭৯ সাল থেকে ১৯৮৯ সাল পর্যন্ত জামায়াতে ইসলামী বাংলাদেশের কেন্দ্রিয় সাংগঠনিক সম্পাদক ছিলেন।

১৯৮৯ সাল থেকে ২০০১ সাল পর্যন্ত তিনি জামায়াতে ইসলামী বাংলাদেশের অন্যতম সহকারী সেক্রেটারী জেনারেল হিসাবে দায়িত্ব পালন করেন এবং ২০০৩ থেকে তিনি জামায়াতের অন্যতম নায়েবে আমীর হিসাবে দায়িত্ব পালন করেছেন এবং ২০১০ সালের ২৯ জুন থেকে ২০১৬ সালের ১৬ অক্টোবর পর্যন্ত জামায়াতে ইসলামীর ভারপ্রাপ্ত আমীরের দায়িত্ব পালন করেছেন। ২০১৭ সাল থেকে তিনি জামায়াতের নির্বাচিত আমীর হিসেবে দায়িত্ব পালন করে যাচ্ছেন। জনাব মকবুল আহমাদ জনগণের ঘরে ঘরে ইসলামের দাওয়াত পৌঁছানোর ব্যাপারে সদা জাগ্রত এবং বিরামহীন ব্যক্তিত্ব। তিনি নিরলস ও নিরবচ্ছিন্নভাবে সাধারণ জনগণের কাছে ইসলামী দাওয়াত পৌঁছানোর কাজ করে চলেছেন।